Одна из самых ранних построек на Васильевском острове, возведенное в 1722-1742 годах. Оно предназначалось для размещения Сената, Синода и коллегий - высших органов государственного управления России, учрежденных Петром I в 1718 году. В начале 19 века коллегии были заменены министерствами. Проект здания был разработан Доменико Трезини; строительство велось под руководством Трезини и Т. Швертфегера, а завершили работы М. Г. Земцов и Джузеппе Трезини.

Здание представляет собой двенадцатьодинаковых по размерам и архитектуре трехэтажных корпусов, соединенных между собой. В 18 веке каждый корпус имел свой отдельный вход. Архитектура здания глубоко символична: она отражает самостоятельность каждой коллегии и вместе с тем подчеркивает их взаимосвязь при решении государственных задач.

Первоначально здание выполняло две функции - административную и торговую. Помимо того, что в нем размещались высшие органы государственного управления, на первом этаже со стороны центральной площади, под аркадой "гостиного двора", располагались торговые ряды и лавки.

В то время еще не было построено постоянных мостов через Неву, что создавало определенные трудности для правительственных учреждений, располагавшихся на Васильевском острове. Частенько из-за капризов переменчивой северной погоды и своенравной Невы они оказывались отрезанными от основных районов города. Это была одна из причин, по которым часть высших государственных учреждений была в последствии перевезена на левый берег Невы.

В 1804 году часть помещений здания Двенадцати коллегий было передано Педагогическому институту, на основе которого в 1819 году был учрежден Университет. До 1859 года в здании располагалось два высших учебных заведения, Педагогический институт был упразднен.